Formal:
* Mes pensées et mes prières vous accompagnent. (This is the most literal translation, but it is a bit formal.)
* Je pense à vous et vous prie dans mes prières. (This emphasizes the act of thinking and praying.)
* Je vous prie de bien vouloir accepter mes sincères condoléances. (This is more appropriate if someone has suffered a loss.)
Informal:
* Je pense à toi et je te prie pour toi. (This is more personal and friendly.)
* Je suis de tout cœur avec toi. (This means "I am with you wholeheartedly" and implies both thoughts and support.)
You can also use phrases like:
* Soyez fort/Sois forte. (Be strong.)
* Courage. (Courage.)
* Tout mon soutien. (All my support.)
The best way to choose the right phrase depends on your relationship with the person and the specific situation.