Here are some ways to answer, depending on the situation:
Formal:
* Estoy trabajando. (I am working.)
* Estoy estudiando. (I am studying.)
* Estoy leyendo. (I am reading.)
* Estoy esperando. (I am waiting.)
* Estoy hablando por teléfono. (I am talking on the phone.)
Informal:
* Nada, ¿y tú? (Nothing, what about you?)
* Relajándome. (Relaxing.)
* Viendo la tele. (Watching TV.)
* Jugando a videojuegos. (Playing video games.)
* Comiendo. (Eating.)
* Hablando con un amigo/a. (Talking to a friend.)
You can also answer with a more specific answer, depending on what you are actually doing:
* Estoy haciendo la comida. (I am making dinner.)
* Estoy preparando una presentación. (I am preparing a presentation.)
* Estoy jugando con mi perro. (I am playing with my dog.)
It is also common to ask the other person back what they are doing:
* ¿Y tú, qué estás haciendo? (What about you, what are you doing?)
The best way to answer "Que estás haciendo?" will depend on the context and your relationship with the person asking the question.