Formal:
* Qu'y a-t-il dans votre chambre ? (most formal)
* Que se trouve-t-il dans votre chambre ? (formal, more literary)
Informal:
* Qu'est-ce qu'il y a dans ta chambre ? (familiar)
* Y a quoi dans ta chambre ? (very informal, slang)
The most common and natural way to say it in most situations would be "Qu'est-ce qu'il y a dans ta chambre ?"