Formal:
* Como está? (This is the most formal way to ask)
* Como vai? (Slightly less formal than "Como está?")
Informal:
* Como vai você? (This is the most common way to ask someone you know well)
* Tudo bem? (This literally means "Everything okay?" and is a very casual way to ask)
* E aí? (This is a very informal way to ask, similar to "What's up?")
Other Variations:
* Como está tudo? (How is everything?)
* Como você está hoje? (How are you today?)
* Como se sente? (How are you feeling?)
The best way to choose the right phrase depends on who you are talking to and the level of formality you want to maintain.