* Ateneo Municipal de Manila (ngayon Ateneo de Manila University): Nag-aral siya rito mula 1872 hanggang 1877.
* Unibersidad ng Santo Tomas: Nag-aral siya rito ng medisina mula 1877 hanggang 1882.
* Universidad Central de Madrid (Spain): Nag-aral siya ng medisina at pilosopiya mula 1882 hanggang 1885.
* University of Paris (France): Nag-aral siya ng ophthalmology noong 1885.
* University of Heidelberg (Germany): Nag-aral din siya ng ophthalmology noong 1886.
Si Jose Rizal ay isa sa mga pinaka-matatalinong Pilipino sa kanyang panahon. Nagtapos siya sa lahat ng kanyang kurso, at nag-iwan ng malaking kontribusyon sa edukasyon, panitikan, at pulitika ng Pilipinas.