Formal:
* Quelle est votre couleur préférée? (What is your favorite color?) This is the most straightforward and polite way to ask.
Informal:
* Quelle couleur tu préfères? (What color do you prefer?) This is a more casual way to ask.
To be even more casual:
* Tu préfères quelle couleur? (Which color do you prefer?) This is the most informal way to ask.
You can also use "de quelle couleur" (of what color) in a sentence:
* De quelle couleur tu aimerais ton nouveau vélo? (What color would you like your new bike?)
Remember to conjugate the verb "préférer" (to prefer) according to the subject:
* Je préfère le rouge. (I prefer red.)
* Tu préfères le bleu. (You prefer blue.)
* Il/Elle préfère le vert. (He/She prefers green.)
* Nous préférons le jaune. (We prefer yellow.)
* Vous préférez le orange. (You prefer orange.)
* Ils/Elles préfèrent le violet. (They prefer purple.)