Formal:
* J'ai beaucoup apprécié notre temps passé ensemble. (I enjoyed our time spent together very much.)
* J'ai trouvé notre rencontre très agréable. (I found our meeting very pleasant.)
Informal:
* J'ai passé un bon moment avec toi. (I had a good time with you.)
* On s'est bien amusés ensemble. (We had fun together.)
* C'était chouette de te voir. (It was cool to see you.)
More specific:
* J'ai adoré discuter avec toi. (I loved talking with you.)
* J'ai aimé découvrir [something you did together]. (I enjoyed discovering [something you did together].)
The best way to say it depends on your relationship with the person and the situation.