Formal:
* നിങ്ങളെ മിസ് ചെയ്യുന്നു (ningale miss cheyyunnu) - This is a more formal way to say it, suitable for someone you respect or are not very close to.
Informal:
* നിന്നെ മിസ് ചെയ്യുന്നു (ninne miss cheyyunnu) - This is a more informal way to say it, suitable for someone you are close to.
* എനിക്ക് നിന്നെ മിസ് ചെയ്യുന്നു (enikku ninne miss cheyyunnu) - This is another informal way to say it, meaning "I miss you".
More emotional:
* നിങ്ങളെ കാണാൻ എനിക്ക് ഏറെ ആഗ്രഹമുണ്ട് (ningale kaanaan enikku ere aagrahamundu) - This translates to "I really want to see you".
* നിങ്ങളെ ഇല്ലാതെ എനിക്ക് സങ്കടമുണ്ട് (ningale illaathe enikku sankadhamundu) - This translates to "I'm sad without you."
The best translation will depend on the situation and your relationship with the person.